かつて、ウルトラマンが倒れた「あの戦い」。 それを「悪夢」に見た進次郎(ULTRAMAN)は、しだいに、自分の《力》が抑えられなくなり、制御できなくなってきていることに気づく。 その力が暴走し、街を破壊し、人々を傷つけるとき、ウルトラマンは「人類の厄災」と呼ばれ、糾弾される存在となる…。 変身を封じられ、追われる身となった進次郎に対し、科特隊は非情の命令を下す。「科特隊、ウルトラマン(進次郎)を捕縛せよ!」 大切なものを失い、孤独の中を逃走する進次郎を待ち受ける運命の嵐! その混乱の影で、暗躍する最凶の異星人軍団! 光を継ぐ者たちが次々に葬られていくなか、進次郎に《更なる覚醒》の時が迫る。 それは、人類にとって福音か、それとも破滅の叫びとなるのか。 進次郎の前に姿を表す、宿命の敵の正体とは・・・!? すべての謎を解く鍵は、かつてウルトラマンが倒れた「あの戦い」にあった…。
世界中で地球人の大量消滅事件が発生──。レナと進次郎も、同時に消失してしまう。 そんな中、フリージャーナリストの東光太郎は恋人のイズミとともに「消失事件」の謎を追い始める。 異星人の正体はテロ組織「暗黒の星」。彼らは世界に向けて声明を出す。 「人類の半分を消滅させるか、地球の半分を割譲するか……どちらかを選べ」 その頃、消えた進次郎とレナは衛星軌道の異星人の船に転送されていた。 「暗黒の星」と科特隊の闘いに巻き込まれ、知りすぎた光太郎は、命を失いそうになるが……。 決戦の相手は巨大兵器「黄金の城塞」。街を破壊し尽くす巨大メカを相手に、ULTRAMAN、セブン、タロウに加え、ゾフィー・ジャック・エースも参戦。 ついにULTRAMAN6ヒーローが集結する!