世界中で地球人の大量消滅事件が発生──。レナと進次郎も、同時に消失してしまう。 そんな中、フリージャーナリストの東光太郎は恋人のイズミとともに「消失事件」の謎を追い始める。 異星人の正体はテロ組織「暗黒の星」。彼らは世界に向けて声明を出す。 「人類の半分を消滅させるか、地球の半分を割譲するか……どちらかを選べ」 その頃、消えた進次郎とレナは衛星軌道の異星人の船に転送されていた。 「暗黒の星」と科特隊の闘いに巻き込まれ、知りすぎた光太郎は、命を失いそうになるが……。 決戦の相手は巨大兵器「黄金の城塞」。街を破壊し尽くす巨大メカを相手に、ULTRAMAN、セブン、タロウに加え、ゾフィー・ジャック・エースも参戦。 ついにULTRAMAN6ヒーローが集結する!
自护送库迪丽娅·蓝那·伯恩斯坦前往地球的任务开始,到阿布拉乌代表指名选举的一连战斗之后,主人公、三日月·奥格斯所属的铁华团一举成名。并在这场战役所揭露了的末日号角之腐败现状的影响之下,这个世界确实发生了些许改变。 在与阿布拉乌的交涉后获得的半金属(Half metal)利权为资本,成为了提瓦兹直系团体的铁华团。资金变得丰厚、入团志愿者人数增加,其规模也扩大至设立了地球支部的程度。 而由之前的地球之旅知晓了世界实情的库迪丽娅设立了阿朵莫斯商会,并以现实性、实务性上的火星经济独立作为了目标。但同时也存在着许多对扬名四海、踏上了新的路程的他们感到不悦的人物。 阿朵莫斯商会来到半金属采掘场进行视察,被委托了商会护卫任务的铁华团团长奥尔加·伊兹卡在那时察觉到了新敌人的袭击。在奥尔加的指挥之下,铁华团、以及驾驶着MS「高达·巴巴妥斯天狼」的三日月前往了击退敌人的最前线。
かつて、ウルトラマンが倒れた「あの戦い」。 それを「悪夢」に見た進次郎(ULTRAMAN)は、しだいに、自分の《力》が抑えられなくなり、制御できなくなってきていることに気づく。 その力が暴走し、街を破壊し、人々を傷つけるとき、ウルトラマンは「人類の厄災」と呼ばれ、糾弾される存在となる…。 変身を封じられ、追われる身となった進次郎に対し、科特隊は非情の命令を下す。「科特隊、ウルトラマン(進次郎)を捕縛せよ!」 大切なものを失い、孤独の中を逃走する進次郎を待ち受ける運命の嵐! その混乱の影で、暗躍する最凶の異星人軍団! 光を継ぐ者たちが次々に葬られていくなか、進次郎に《更なる覚醒》の時が迫る。 それは、人類にとって福音か、それとも破滅の叫びとなるのか。 進次郎の前に姿を表す、宿命の敵の正体とは・・・!? すべての謎を解く鍵は、かつてウルトラマンが倒れた「あの戦い」にあった…。