ある日、米花町の銀行の金庫で厳重に保管されていた宝石「チェリーサファイア」を頂くという予告状が警察に届いた。差出人はなんと、怪盗キッドではなくルパン三世だった。銭形警部は、目暮警部とタッグを組んでルパン逮捕に乗り出すが、チェリーサファイアは見事ルパンの手に渡る。その後ルパンはアラン・スミシーという謎の男に連絡を取った。一方、日本で海外の人気アイドル・エミリオが来日し、少年探偵団はエミリオに釘付けになるが、コナンはかつてヴェスパニア王国の事件捜査でコナンと手を組み、エミリオのボディーガードになっていた次元大介の姿を見つけ、コナンはルパン一味が何かを企んでいると睨む。そんな時、エミリオ宛に脅迫状が届く。だがそれは、大きな事件の、そしてルパンとコナンの対決の幕開けに過ぎなかった。
在欧洲的维斯巴尼亚王国中,维斯巴尼亚女王萨克拉在打猎活动中因猎枪走火事故不幸身亡,而王子吉尔因母亲由于自己的猎枪走火身亡而过度自责并以手持开枪自尽。因此这场惨剧的消息迅速传播,轰动各国的新闻界,也传到侦探江户川柯南和世纪大盗鲁邦三世的耳里…… 由于萨克拉女王及吉尔王子因为离奇身亡的缘故,促使身为维斯巴尼亚的公主蜜拉将要继承王位成为下任的女王,但是她依然无法接受这些残酷的事实。当蜜拉公主代替她母亲造访日本时遇见和她的容貌十分相似的毛利兰。蜜拉希望自由地玩一次,而小兰也想当个公主的体验,因此她们换上衣着,但基斯伯爵不公布蜜拉公主失踪的消息并把小兰带回维斯巴尼亚王国,而柯南亦偷偷地跟随小兰上机……这个时候,鲁班三世准备向即将要在加冕典礼上要用的“女王皇冠”下手。 这场惨剧背后究竟隐藏着什么秘密?到底谁是这场惨剧的幕后黑手?“平成年代的福尔摩斯,日本警察的救世主”工藤新一(江户川柯南)对决“世纪大盗”鲁邦三世!胜利到底会归向于何方?